В период развития рыночной экономики в России система финансирования здравоохранения претерпела радикальные перемены как по структуре, так и по схеме финансирования. В советское время источником финансирования здравоохранения был прежде всего бюджет, в некоторой степени - средства предприятий и лишь в малой дозе средства населения (прежде всего в стоматологии).

В настоящее время структура финансирования изменилась радикальным образом. В соответствии с реформой межбюджетных отношений каждый из бюджетов – федеральный, субъекта Федерации, муниципальный – стал финансировать только свои учреждения.

Возник и совершенно новый источник финансирования государственных обязательств в сфере здравоохранения – система обязательного медицинского страхования (ОМС), призванная не содержать медицинские учреждения, как это было в советские времена, а финансировать медицинские услуги, оказанные застрахованным гражданам в рамках территориальной программы обязательных государственных гарантий по оказанию медицинской помощи.

Финансовые средства государственной системы обязательного медицинского страхования формируются за счет отчислений страхователей на обязательное медицинское страхование. Для реализации государственной политики в области обязательного медицинского страхования созданы Федеральный и территориальные фонды обязательного медицинского страхования как самостоятельные некоммерческие финансово-кредитные учреждения.