В России имеется министерство транспорта. В этом министерстве образованы:

-    Федеративная авиационная служба (ФАС) России;

-    Федеративная служба морского флота (Рос Морфлот);

-    Федеративная служба речного флота (РосРечфлот);

-    Федеративная автомобильно-дорожная служба.

Начальник каждой службы является министром. Железные дороги – единственный вид транспорта вне юрисдикции министерства транспорта.

В министерстве транспорта имеется советник (МТ). МТ, в отличие от ранее существующих транспортных министерств не распоряжается собственностью транспортных предприятий и не планирует их хозяйственную деятельность. Задача МТ – проведение собственной политики в области цен и тарифов.

На местах в регионах формируются региональные управления транспортно-дорожным комплексом.

На морском транспорте учреждены морские администрации портов, которые осуществляют регулирование деятельности компаний.

На железных дорогах в основном сохранилась вертикальная структура управления: МПС дороги – отделения дорог со структурными единицами: станции, депо (локомотивные, вагонные), дистанции, участки.